冷凍干燥機用于細菌領域也常被稱為菌種冷凍干燥機、細菌凍干機、菌種凍干機等，可以用于凍干保存細菌、菌種等，其操作步驟如下：

1. 所用培養基及凍干保護劑均高壓滅菌；

2. 取分離所得細菌菌液或甘油保存的細菌一環，在培養板上分區或蛇形劃板（大腸桿菌在麥康凱平板上劃板），37℃倒置培養過夜；

3. 取一只干凈的試管，倒入約10mL培養液（大腸桿菌用LB培養液），從培養過夜的平板中挑取一個單菌落于該培養液中，37℃振蕩培養過夜；

4. 取10個干凈的西林瓶，每瓶加入1mL凍干保護劑，再加入1mL培養過夜的菌液，蓋上橡膠塞，留出氣孔，標記好之后放入-80℃冰箱使其冷凍；

5. 啟動冷凍干燥機預熱約30min，迅速將已冷凍的菌液放于冷凍干燥機上，一般十幾小時之后細菌已凍干，關閉冷凍干燥機，取出已凍干的細菌，壓蓋，放于-80℃超低溫冰箱保存，可達十年之久。